L’institution est dotée d’une structurée hiérarchisée comprenant le Conseil d’Administration, la Direction Générale coiffant sept (7) directions techniques:
Le FAES intervient dans les secteurs de l’Éducation, la Santé, la protection et la promotion Sociale, la Nutrition, l’Assainissement, l’Eau Potable, l’Agriculture, l’Artisanat, la Micro finance, l’Environnement, le Transport, etc…, en s’assurant du respect des normes établies par les ministères sectoriels concernés.
Les projets financés par le FAES sont répartis sur l’ensemble du territoire national et une attention particulière est accordée aux régions les plus défavorisées, aux zones rurales et aux régions marginales urbaines généralement démunie.
Les ressources du FAES proviennent de dotations budgétaires ou d’autres fonds du Trésor Public, de dons en espèces consentis par le gouvernement des pays amis, par des organisations internationales ou par d’autres donateurs et enfin de prêts concessionnels accordés à des conditions conformes à ses objectifs et à ses activités.